Chùa Trà Phương có mặt chính quay về hướng tây nam, với các công trình kiến trúc như tòa thờ Phật, tòa thờ các vị tổ sư, nhà khách, nhà bia, sân vườn và kiến trúc cổng chùa. Tòa điện Phật trước đây có kiến trúc kiểu chữ Đinh (丁) với 5 gian bái đường, ba gian chuôi vồ; nhưng hiện nay chỉ còn lại ba gian bái đường, ba gian chuôi vồ.[1]

Trong chùa cũng lưu giữ nhiều hiện vật mang phong cách nghệ thuật nhà Mạc như tương vua Mạc Đăng Dung, tượng thái hậu Vũ Thị Ngọc Toàn, đôi sấu đá và các bia ký.[1]